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En el verano de 2025, el Barça y Juani Marcos llegaron a un acuerdo para el regreso del base argentino a la disciplina azulgrana, tras dos temporadas en el Girona, la última como jugador en propiedad del club gerundense.
De este modo, el internacional argentino, originario de Rosario y con nacionalidad italiana, vuelve al club donde se formó durante dos temporadas con el Barça Atlètic (2019-2021), antes de ser cedido durante dos campañas al Força Lleida y una más al propio Girona. Ahora le llega el momento de demostrar su calidad y visión de juego sobre el parquet del Palau Blaugrana.
Ese fue el año en que el Barça incorporó a este prometedor base argentino procedente del Club Atlético Peñarol (Mar del Plata). La temporada anterior, la 2018/19, ya había debutado en la máxima categoría del baloncesto argentino, la Liga Nacional, con unos promedios de 6,8 puntos, 2 asistencias y 2,2 rebotes por partido.
Marcos llegó al Barça tras haber destacado en el Mundial sub-19, donde fue el segundo máximo anotador de la selección argentina, con 10,4 puntos por partido, solo por detrás de Leandro Bolmaro. En sus dos temporadas con el Barça Atlètic disputó un total de 54 partidos en LEB Plata, con unas medias de 9 puntos, 3,1 rebotes y 3,1 asistencias.
Para no frenar la progresión que mostraba dentro del filial azulgrana, el Club acordó una cesión con el Força Lleida por dos temporadas. Marcos dio el salto de LEB Plata a LEB Oro y siguió creciendo deportivamente, con un total de 63 partidos y unos promedios de 11,3 puntos y 3,2 asistencias por encuentro.
En julio de 2023 se confirmó una nueva cesión, esta vez al Bàsquet Girona. En sus dos temporadas en Fontajau, disputando la Liga Endesa, Marcos ha registrado unos promedios de 8,9 puntos, 2,4 rebotes, 3,9 asistencias y 9,5 de valoración en 22 minutos por partido.