Defensa formado en las categorías inferiores del club, pasó por todos los equipos, desde los infantiles hasta el Barça B. Era un jugador polivalente, que fue cedido a Osasuna antes de pasar al primer equipo azulgrana, donde jugó una temporada , la 1994-95. Conocido como 'el bigotes', posteriormente continuó su carrera en el Betis y otros equipos de la liga española.

Johan Cruyff lo hizo debutar con el primer equipo en la ida de la Supercopa de España de 1994 ante el Zaragoza en La Romareda. Aquel 27 de agosto, Javi Sánchez disputó todos los minutos en la victoria culé a domicilio por 0 a 2. En su primera y única temporada con los grandes (1994-1995), sólo disputó 10 partidos oficiales. En su posición debía competir con Chapi Ferrer, indiscutible para el entrenador. A pesar de esta competencia deportiva, conservan una bonita amistad. Las pocas oportunidades que tuvo le llevaron a hacer las maletas hacia Sevilla, donde se enfundó la camiseta del Betis. Una elástica que lució el curso 1995-1996. El año siguiente fichó por el Racing de Santander, donde jugó tres temporadas. El verano de 1999 se marchó al Sporting de Gijón, que entonces jugaba en la Segunda División. Finalmente se terminó retirando a su tierra, donde disputó sus últimos partidos con el C.F. Balaguer y el EFAC Almacelles.

Palmarés:
1 Supercopa de España (1994-1995)