Su buen rendimiento en el Mini le llevó a dar el salto al Camp Nou con la llegada de Frank Rijkaard en Barcelona. Con Víctor Valdés en el equipo, Albert Jorquera tuvo pocas oportunidades de defender la portería en las seis temporadas que jugó en el primer equipo. A pesar de todo pudo participar en uno de los mejores y más exitosos equipos de la historia, ganando dos Champions League y el famoso triplete del primer año de Pep Guardiola en el banquillo.

Albert Jorquera puso los pies en el Barça por primera vez en edad juvenil. De allí iría pasando por los equipos superiores, los entonces Barça C y Barça B. Cuando encaraba su segundo año en el filial, se fue cedido primero al Ceuta de 2ªB y la temporada siguiente al CE Mataró, también en calidad de cedido. Al llegar de nuevo del Barça B, la temporada 2002-2003 se erige como titular indiscutible. En la temporada del estreno con el primer equipo, Frank Rijkaard le alineó en el once del partido que el Barça empató a uno contra el Athletic Club en el Camp Nou. Era el 17 de enero de 2004. Esa temporada también jugaría un partido ante el Atlético de Madrid, un mes después, con resultado de tres a uno para el Barça. Aquel año compartió portería con Víctor Valdés y Rustu. Las otras cinco temporadas que jugó en el primer equipo no tuvo muchas oportunidades, ya que Valdés ofreció un rendimiento formidable. En diciembre de 2007 sufrió una grave lesión en un partido con la selección catalana que le mantuvo alejado de los terrenos de juego durante el resto de la competición. El Barça, entonces, se reforzó con José Manuel Pinto, que venía procedente del Celta. La temporada siguiente (2008-2009) y ya con Guardiola en el banquillo, jugó sólo un partido oficial, el que cerraba la fase de grupos de la Champions League contra el Shakhtar ucraniano. El año siguiente fichó por el Girona, donde, tras una temporada, se acabaría retirando el año 2010.

Palmarés:

3 Ligas (2004-2005, 2005-2006 y 2008-2009)

2 Champions (2005-2006 y 2008-2009)

1 Copa del Rey (2008-2009)

2 Supercopas de España (2005-2006 y 2006-2007)