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El mexicano es una figura importante en el barcelonismo, que recuerda sobre todo por sus siete temporadas como jugador del primer equipo. Llegó a la ciudad contal en el verano del 2003 y no se marchó hasta el 2010 tras dejar dos Champions, cuatro ligas, una Copa del Rey entre otros trofeos en los vitrinos del club.
Rafa Márquez se convirtió en un defensa icónico de azulgrana, recordado también por la gran pareja que hizo con Puyol en el eje de la defensa culé. Además, el káiser es el tercer futbolista con mayor cantidad de representaciones internacionales con 148, y comparte récord de más Mundiales disputados con cinco ediciones en las que ha participado.
Tras su retirada como futbolista profesional en el 2018, Márquez desarrolló funciones de director Deportivo en el Atlas mexicano, el último equipo en el que jugó. Se mantuvo en el cargo un año. Luego empezó a trabajar como entrenador en las categorías inferiores de la Real Sociedad Deportiva Alcalá, equipo de Alcalá de Henares, en la Comunidad de Madrid.
En la temporada 2022/23, el club culé confía en el conocimiento de la estructura y filosofía azulgrana del mexicano y le otorga la confianza de cederle las riendas del filial para desarrollar el talento de las jóvenes perlas azulgranas para que puedan debutar y establecer en el primer equipo.