Seguer hizo de entrenador puente hasta la llegada de Vic Buckingham, en el segundo partido de la segunda vuelta, en enero de 1970. Entonces pasó a ser el ayudante del técnico inglés, y dejó atrás un balance de cuatro victorias, dos empates y cinco derrotas en las jornadas de aquella Liga 1969/70 en la que fue el primer entrenador.

En 1970 fue el primer entrenador del Barça Atlètic, el equipo filial azulgrana resultante de la fusión del Condal y el Atlético Cataluña. Se estuvo dos temporadas, la 1970/71 y la 1971/72.

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