El 23 de abril de 2001, tras perder un partido de Liga contra Osasuna, fue sustituido por Carles Rexach. | ARCHIVO FCB

Tras ser elegido en las urnas como sucesor de Núñez, el nuevo presidente del club, Joan Gaspart, le confirmó oficialmente como director técnico y entrenador azulgrana. Serra Ferrer ya formaba parte del 'staff' del club desde el mes de julio de 1997, cuando dejó el banquillo del Betis para hacerse cargo del fútbol base del Barça. El técnico mallorquín inició su trayectoria como entrenador del Poblenc, donde estuvo cinco temporadas.

Posteriormente, dirigió al filial del Mallorca y, en la campaña 85-86, pasó a entrenar al primer equipo, con el que consiguió dos ascensos a Primera División. En la temporada 1993-94 fichó por el Betis, y ese mismo año llevó al conjunto andaluz a la máxima categoría del fútbol español. En la siguiente campaña, el Betis terminó la Liga en tercera posición, logrando una plaza para la Copa de la UEFA, y en la temporada 96-97 jugó la final de Copa contra el Barça. Su brillante trayectoria en el banquillo andaluz le permitió entrar en el Barça, donde después de tres años como máximo responsable de la cantera, pasó a dirigir el primer equipo.

En su etapa como técnico, el equipo fue eliminado en la primera liguilla de la Liga de Campeones y pasó a disputar la Copa de la UEFA, en la que el Liverpool impidió la clasificación de los azulgranas para la final. El 23 de abril del 2001, después de perder un partido de Liga contra Osasuna, fue sustituido por Carles Rexach y volvió al 'staff' técnico del club. Un año más tarde, Serra Ferrer se desvinculó definitivamente de nuestra Entidad.